На этот раз с командой Ханта Итана судьба сыграла плохую шутку, несправедливое обвинение в причастности во взрыве Кремля делает Итана Ханта врагом Российской Федерации №1, при этом он ставит под удар свое правительство и государство. После данного инцидента, президент США незамедлительно инициирует «Протокол Фантом», в результате чего команда "Миссия невыполнима" полностью ликвидируется. Отныне Итан Хант и его товарищи одни и полагаться на чью-либо помощь бесполезно и чтобы предотвратить грядущее начало Третей Мировой войны им остается только одно - найти истинного виновного причастного в теракте.